Mi dà problemi anche a me, quindi dubito che la fonte sia milkshape. Secondo me dipende dal convertitore che utilizzi(quello rilasciato da Zarathos, giusto?) che, se ci fai caso riduce lo skeleton ad una pallina: i bones sono sempre tutti lì, ma è com se fosse collassato su sé stesso. Io ad esempio mi trovo meglio con il mesh_2ms3d converter.
Ho anche pensato che possa dipendere da un problema di weight nei vertici, ma non mi pare. Comunque, non escluderei del tutto quest'ultimo problema.